灵活就业者确实可以选择只缴纳医疗保险。在参保登记时，您可以在系统里只勾选医保，或者只勾选养老保险。具体操作方法如下：
通过电脑端办理：
您可以通过电脑端办理参保登记，只选择医疗保险或养老保险进行缴纳。
到社保局或就业服务中心办理：
您也可以携带有效身份证件到当地的社保局或就业和社会保障服务中心办理，只缴纳医疗保险。
需要注意的是，虽然灵活就业者可以选择只缴纳医疗保险，但建议您综合考虑自身的长期保障需求和经济状况。医疗保险是长期保障的重要组成部分，如果不缴纳医疗保险，在生病住院等情况下将需要个人承担全部医疗费用。因此，在符合政策规定的前提下，选择性地缴纳医疗保险等更为紧迫和重要的保障项目是明智的。
