灵活就业社保的扣款方式如下：
预存代扣制：
灵活就业人员需要与委托银行签订银行扣款协议，并于每月20日前将应缴费款足额存入委托银行代扣缴费款账户。税务机关原则上每月21日对灵活就业人员发起批量扣款。如果因金额不足等原因未能成功缴费，缴费人可以通过微信、支付宝、电子税务局或扣款银行自行缴费。
银行自动扣费：
在办理社保时，可以让工作人员开通银行卡自动扣费功能。后续只要保证银行卡中的金额足够，就可以按月自动缴费，避免因忘记而导致社保断交。
线上缴费：
灵活就业人员可以登录绑定社保账户的银行卡的网上银行，只要银行卡中有足够的余额，就可以通过网上银行来缴费。
社保经办机构缴费：
参保人可以携带身份证和社保卡，到当地的社保经办中心的服务窗口进行线下缴费。不过这种方式可能不太方便，容易忘记缴费。
第三方平台缴费：
灵活就业人员还可以通过支付宝、微信等第三方平台进行缴费操作。
建议
选择便捷的缴费方式：考虑到便捷性，建议选择银行自动扣费或线上缴费的方式，以确保社保费用能够按时缴纳。
确保账户余额充足：无论是通过银行自动扣费还是线上缴费，都需要确保银行卡中有足够的余额，以避免扣款失败。
及时关注扣款信息：建议定期查看银行扣款记录，确保社保费用已经成功缴纳。如果发现扣款失败，及时通过其他方式补缴。
