自考论文申请毕业的流程如下：
论文申请
登录高等教育自学考试管理信息系统（管理系统），选择论文报考，提交申请。
携带身份证、准考证、专科毕业证书原件、各科考试成绩单及免考证明到当地自考办进行资格审定。
缴费与选择指导教师
通过资格审定后，在规定时间到主考院校办理交费手续。
主考院校根据考生选择的专业及个人情况，为考生选择指导教师，并告知联系方式。
同时发给考生撰写毕业论文的具体材料，包括撰写方式、论文要求、交稿时间、报到答辩时间、论文参选题目等。
撰写与提交论文
根据指导教师的安排和要求，撰写毕业论文。
完成初稿后，进行查重和定稿。
将定稿的论文提交给指导教师审核，并根据反馈进行修改。
论文答辩
根据主考院校的通知，参加毕业论文答辩。
答辩过程中，考生需简要阐述论文的写作动机、内容梗概和基本观点，并回答答辩小组提出的问题。
申请毕业
在管理系统中提交毕业申请数据，并完成交费。
提交的资料包括《四川省高等教育自学考试毕业申请表》、身份证复印件、毕业证书复印件、学历证书电子注册备案表等。
领取毕业证书
通过审核后，等待领取毕业论文答辩成绩。
携带准考证、身份证到主考院校领取毕业证书及相关材料。
建议：
确保所有科目和毕业论文都通过后，再进行毕业申请。
提前了解并确认当地教育考试院和主考院校的具体要求和时间安排。
在整个过程中保持与指导教师的沟通，及时解决遇到的问题。
