整理就业协议档案的步骤如下：
签署并加盖公章的《就业协议书》
毕业前，签署并加盖所有公章的《就业协议书》交回学校就业指导中心。
毕业后，学校在发放书时，还将签发加盖接收单位公章的《就业协议书》。
报到证的办理
毕业生领到《就业协议书》后，持上联（蓝色）报到证到各单位盖公章，并按时交到接收档案的人才服务中心，存入毕业生档案。
档案的整理与归档
接收单位应对毕业生的档案进行整理和归档，确保档案的完整性和系统性。
档案应妥善保管，采取必要的保护措施，防止档案丢失、损坏或泄露。
户口转入
如需将户口同时转入人才机构进行档案保管，在办理上述手续的同时还需上交照片、户口迁移证明等资料。
档案的查询与利用服务
接收单位应提供档案查询和利用服务，确保毕业生或相关机构能够依法查询和利用档案。
档案的销毁
在协议书保管期限届满后，可以进行销毁，注意保护个人隐私和商业秘密不被泄漏。
其他注意事项
如果毕业时没有签订就业协议书，可以申请调档函，具体操作可以咨询学校就业指导中心或相关部门。
毕业生档案的去向有两个选择：去就业地或去生源地，具体取决于就业单位的性质和个人的选择。
通过以上步骤，可以确保就业协议档案的完整、系统和安全，便于日后的查询和利用。建议毕业生在签订就业协议后，及时办理档案的整理、归档和保管手续，以确保档案的顺利转移和管理。
